Le commandant Fox était l’officier dirigeant la garde de Coruscant durant la Guerre des Clones. C’est sous ses ordres qu’intervint l’équipe de clones qui libéra la sénatrice Amidala de Ziro le Hutt, l’oncle de Jabba, et l'arrêta.

Quelques mois plus tard, il fut chargé de sécuriser les quartiers sénatoriaux lorsque la Bête de Zillo, ramenée de Malastare, se mit à semer le trouble à travers la capitale galactique.

Plus tard, un groupe de Droïdes démolisseurs de bombe envoyé par les Séparatistes infiltra la sécurité du Niveau 5000 de Coruscant. Malgré la vigilance de Fox, les robots parvinrent à faire exploser une centrale d'énergie, plongeant la planète dans un blackout complet.

Vers la fin de la Guerre des Clones, la prisonnière Letta Turmond, responsable d'un attentat contre le Temple Jedi qui avait causé la mort de beaucoup de personnes, fut placée sous sa responsabilité. Quand Ahsoka Tano, appelée par la prisonnière, arriva à la prison, Fox félicita la Padawan d'avoir arrêté Turmond. Tano dut laisser son émetteur et ses sabres-laser avant d'entrer dans la zone de détention. Fox l'accompagna à la cellule de Turmond, puis la laissa seule avec la prisonnière. Il revint précipitamment quand il vit sur les caméras de surveillance que Turmond était victime d'un Étouffement par la Force. Elle était déjà morte quand il parvint dans la cellule, et il conclut tout naturellement que le commandant Tano l'avait tuée. Bien qu'il éprouvât une certaine sympathie pour ce qu'il estimait être un acte de vengeance, il arrêta et emprisonna la Jedi.

L'amiral Tarkin donna l'ordre que Tano ne reçoive aucune visite. Ainsi, quand Anakin Skywalker vint rendre visite à sa Padawan, Fox ne l’autoris pas à la voir. Néanmoins, pendant ce temps, Ahsoka Tano parvint à s'échapper de sa cellule. Fox et Skywalker se lancèrent à sa poursuite. Ils trouvèrent les corps de trois clones, et Fox supposa que c'était Tano qui les avait tués dans son évasion. Skywalker était d'un autre avis, et ordonna aux clones de ne pas la tuer. Les gardes lancèrent des massiffs et passèrent la zone au peigne fin. Ils finirent par coincer Tano, mais elle leur échappa encore, en passant par les égouts. Ils la suivirent, mais la Padawan parvint à rejoindre les niveaux inférieurs de Coruscant. Elle fut par la suite rattrapée et expulsée de l'Ordre Jedi.

Juste après les évènements qui virent le départ d'Ahsoka Tano de l'Ordre Jedi, Fox fut chargé de traquer un autre prisonnier sur Coruscant : le soldat ARC Fives. Ce dernier, après avoir eu vent d'une conspiration visant à se servir des clones pour éliminer les Jedi, fut accusé de trahison par le Chancelier Suprême en personne.

Fox et un contingent de clones parvinrent à cerner l'ARC Trooper. Ce dernier tenta de se saisir d'un blaster pour se défendre mais Fox, plus rapide, tira le premier.

Finalement, la guerre cessa et l'ancienne République laissa place à l'Empire Galactique. Les Jedi, anciens alliés des clones, furent déclarés ennemis du régime naissant. Toutefois, la mission de Fox ne changea absolument pas, puisqu'il continua à patrouiller dans les rues de Coruscant pour assurer la sécurité des citoyens du nouvel Empire.

Peu de temps après la proclamation de l'Empire, la Jedi Jocasta Nu s'infiltra dans la capitale galactique et, usant d'une ruse mentale par le truchement de la Force, trompa la vigilance de Fox et ses patrouilles.

Lorsque cette dernière réussit à pénétrer dans l'ancien Temple Jedi, Fox fut placé sous les ordres de Dark Vador. Tandis que le Seigneur Sith affrontait la Jedi, le commandant déploya un impressionnant contingent aux abords du bâtiment. Hélas, malgré ses précautions, Jocasta Nu parvint à s'enfuir. Son échec mit Vador dans une rage folle et, dans un accès de colère, celui-ci brisa le cou du soldat clone.

Durant la Guerre des Clones, Fox et ses hommes furent chargés de la protection des nombreux sénateurs résidant sur Coruscant, dont le comte Dooku avait mis les têtes à prix. Fox réussit, grâce à de précieux renseignements, à mettre en échec une tentative d’enlèvement sur la personne de la sénatrice Shayla Paigre-Tarkin. Le commandant clone intercepta le chasseur de prime, un Trandoshan, dans le secteur portuaire de la ville. Il s’ensuivit un échange de tirs. Un coup mieux ajusté que les autres toucha Fox, qui fut heureusement protégé par son armure. Le Trandoshan tenta de fuir, mais c’était mal juger le commandant Fox, qui connaissait les rues de la ville comme sa poche. Le clone ordonna l’encerclement du chasseur de prime par ses hommes. Entouré par une marée d’armures rouges, ce dernier n’eut d’autre choix que d’utiliser son jet-pack afin de fuir par le haut. A nouveau, son plan fut contré par Fox qui, utilisant son blaster ascensionnel, ne tarda pas à rattraper le fugitif sur le toit. Le Trandoshan, pris au piège, retourna son arme vers le clone. Ce dernier plongea derrière une grille d’aération en tirant un coup de semonce.

Fox ordonna à son adversaire de se rendre, mais le Trandoshan continua à tirer. Le commandant clone ajusta son arme et désarma le chasseur de prime d’un coup de blaster, le blessant en même temps à la main.

Finalement, le clone attrapa le chasseur de prime, en lui signalant au passage que personne ne lui avait jamais échappé.