Avec l’extension du conflit sur différents fronts de la galaxie et les pertes subies lors de la Bataille de Geonosis, il devint évident que l’Ordre Jedi ne pouvait assumer seul le commandement de la
Grande Armée de la République. Les premières versions de
Commandants Clones – reconnaissables par les codes couleur de l’armure de Phase I – furent à leur tour rapidement débordés et limités dans leurs capacités à diriger les troupes sur le terrain.
La solution fut apportée lors de la seconde moitié de la Guerre des Clones, notamment grâce au succès du projet des clones ARC, beaucoup plus proches du modèle original
Jango Fett par leur sens de l’indépendance.
Alors que certains ARC restaient déployés au combat, certains furent rapatriés sur
Kamino afin d’entraîner une nouvelle génération de clones spécialement destinée à devenir commandants. L’entraînement dispensé durant cette période rendit les aspirants plus aptes à effectuer leur fonction future en leur offrant une plus grande autonomie, une meilleure coordination et un esprit tactique plus affiné. Sur le champ de bataille, leur rôle serait capital aussi bien au Centre de Commandes qu’aux côtés de l’infanterie.
Ainsi naquit la nouvelle génération de Commandants Clones, également connue sous le nom de « commandants ARC », qui acquit par la même occasion une multitude de personnalités originales. Cette nouvelle caractéristique apporta des unités plus distinguées et plus « humaines ».
En pratique, les Commandants Clones étaient à la tête d’un régiment de 2304 fantassins voire d’un unique bataillon dans certaines situations. Les plus talentueux pouvaient aspirer à occuper la fonction de Commandant Clone Vétéran, dirigeant une légion entière et assistant directement les généraux Jedi sur le plan tactique, la classe suivante étant celle des Commandants Clones Maréchaux.
De manière générale, chaque unité possédait un commandant de terrain lorsque le besoin s’en faisait ressentir. Tous étaient reconnaissables par leur armure Phase II personnalisée par les épaulettes et les kamas des soldats ARC ou encore par des jumelles macrobinoculaires.
Afin d’entretenir une continuité dans la hiérarchie, certains commandants formèrent à leur tour leurs meilleurs éléments pour augmenter leurs capacités au combat voire leur octroyèrent le droit de porter l’armure des soldats ARC.