Le roman s’ouvre sur une attaque menée par la flotte Chiss contre un nid Killik, Iesei. Un petit groupe, constitué par les Chevaliers Jedi Jaina Solo, Zekk, Jacen Solo, Tahiri, Lowbacca et Tesar Sebatyne, se retrouvent face à une force d’assaut Chiss dirigée par Jagged Fel, l’ancien petit ami de Jaïna. Au cours de la bataille, les Jedi découvrent une bombe qui n’a pas explosé au contact du sol, mais les Chiss la détruisent pour empêcher quiconque de découvrir la nature de la bombe. Jacen tente de convaincre l’équipe de repartir avec lui vers Ossus, mais Jaina et Zekk refusent d’abandonner les Killiks et laissent Jacen et les autres repartir sans eux.
Dans la Force résonne un appel qui s’est prolongé pendant plusieurs jours : Luke Skywalker convoque tous les membres de l’Ordre Jedi et les rappelle sur Ossus, l’Académie Jedi, afin de discuter des récents problèmes qu’à connu l’Ordre au cours de la crise avec les Killiks. Jacen informe son oncle que Jaina et Zekk ont refusé de répondre à l’appel. Le jeune homme confie ensuite à Luke la vision qu’il a eu et dans laquelle il a vu la galaxie sombrer dans une guerre éternelle et Skywalker comprend les raisons qui ont poussé son neveu à agir. Luke annonce devant l’ensemble de l’Ordre réuni que les Jedi ont fait fausse route depuis la fin de la guerre contre les Yuuzhan Vong. Le Maître lance un ultimatum à ses compagnons : s’ils sont incapables de faire passer l’Ordre en premier dans leurs priorités (au détriment de leurs familles, de leurs consciences ou de l’Alliance Galactique, par exemples), alors ils devront quitter l’Ordre des Jedi.
Une fois seuls, Leia demande à Luke s’il sait ce qu’il fait en s’étant ainsi proclamé le Grand Maître de l’Ordre Jedi. Son frère lui assure qu’il ne voit pas d’autres solutions pour faire passer son message et accepte les risques de devoir tenir les rênes de l’Ordre. Leia comprend alors que Luke tente d’unir tous les Maîtres de l’Ordre contre lui par la technique du “Rubogean Gambit”. Au cours de leur discussion, ils sont interrompus par Danni Quee qui vient annoncer à Skywalker qu’elle quitte l’Ordre afin de pouvoir rester sur Zonama Sekot pour étudier les Yuuzhan Vong. Vient ensuite Tenel Ka, qui met en avant ses devoirs de Reine de Hapès et la protection de sa fille, Allana, pour justifier sa décision de quitter l’Ordre. Luke lui demande de garder son sabre-laser et c’est au tour de Corran Horn de venir annoncer qu’il souhaite abandonner les Jedi, mais le Maître le retient et lui dit qu’il ne veut pas que Corran s’en aille. Le groupe se dirige vers l’auditorium, où les Maîtres se sont réunis pour parler avec Luke, et au cours de la discussion, Han tente de tirer les vers du nez de Jacen quand à l’identité du père d’Allana, mais celui-ci feint l’ignorance pour ne pas dire la vérité. Jacen expose ensuite sa vision aux autres Maîtres, et tous finissent par se mettre d’accord sur la nécessité de détruire le Nid Noir (donc de se débarrasser de Lomi Plo et d’Alema Rar, le Hérault du Nid Noir) et d’éloigner Raynar Thul des Killiks (Jacen étant partisan quand à lui d’un assassinat pur et simple de Raynar). Luke les remercie et leur annonce qu’en tant que Grand Maître, c’est à lui et lui seul de prendre la décision finale.
Le couple Skywalker retrouve Aryn Thul, la mère de Raynar, et Tyko Thul dans un restaurant spécialisé dans la nourriture Yuuzhan Vong sur Coruscant. Les Thul tentent de faire pression sur les Jedi en annonçant qu’ils ont acheté Xtib, l’entreprise qui fabrique l’isotope spécial qui rend les StealthX des Jedi furtives et indétectables, et Luke comprend qu’ils sont au courant de la discussion qui a eu lieu entre les membres de l’Ordre. Aryn Thul admet avoir été avertie par Tesar et Lowbacca, et le Maître préfère mettre un terme à la conversation. Avant de partir, la mère de Raynar offre aux Skywalker le prototype des séries R2, R2-0. Elle espère qu’il pourra leur être utile.
Leia et Han Solo, flanqués de C-3PO et des Noghris, parviennent au spatioport Lizil à bord du vaisseau de Lando Calrissian, le Swiff. Afin de ne pas être reconnus, ils se déguisent, Han en Arkanian du nom de Lord Rysto, Leia en Fallen et les Noghris en Ewoks. Se faisant passer pour des marchands d’armes, ils souhaitent discuter affaires avec les Killiks mais ceux-ci refusent et ne sont pas intéressés. Qu’à cela ne tienne, Han sait à qui s’adresser pour fourguer ce qu’il a vendre.
De son côté, Luke a réuni Tesar Sebatyne, Lowbacca et Tahiri, et compte sur l’aide de Cilghal pour déterminer si oui ou non ils sont sous le contrôle de Raynar, la Volonté de la Colonie. Tesar et Lowie essayent de justifier leur acte, soutenus par Tahiri qui affirme que si elle avait été mise au courant, elle les aurait accompagnés. Le trio ne ménage pas ses efforts pour dérouter la conversation vers Jacen et la confiance exagérée qu’à Luke en son neveu, l’accusant de cacher des choses et de manipuler les autres. Mais Luke ne se laisse pas embobiner aussi aisément par les accusations de Tahiri, même lorsque le trio met en avant le blocage de mémoire dont a été victime Ben. Skywalker les envoie sur Dagobah afin qu’ils réfléchissent sur ce qu’ils ont fait et s’ils s’estiment dignes d’être des Chevaliers Jedi.
Toujours sous leurs déguisements, Han et Leia retrouvent Emala, Grees et Sligh, les trois Squibs avec lesquels ils ont déjà été en contact. Les Solo se font reconnaître sans que leurs noms ne soient prononcés et, en les faisant chanter, essayent de louer un cargo qui pourrait les conduire sur le front avec un convoi. Les Killiks se méfient, mais acceptent la proposition.
Grâce au R-0 fourni par Aryn Thul, Ghent a pu faire d’énormes progrès sur la mémoire cachée de R2-D2. Luke propose à Jacen de rester avec lui et Mara et de visionner une partie du passé d’Anakin Skywalker. En réalité, Luke n’est pas vraiment tenté par la vision du passé de son père mais pour espérer vaincre Lomi Plo, il doit effacer tous les doutes en lui et se force donc à regarder. Ensemble, ils assistent à la discussion qui a eu lieu entre Anakin et Padmé juste après l’attaque du Temple Jedi, alors qu’Anakin annonce qu’il part pour Mustafar. Mara est effrayée par Anakin, mais Jacen ne comprend pas : tout ce qu’il voit est un homme qui souhaite protéger à sa femme. Ghent les prévient qu’il doit encore travailler pour débloquer les autres fichiers cachés de R2.
Après leur entrevue avec les Squibs, le couple Solo retrouve Jae Juun et Tarfang, sous couverture, qui travaillent pour les services de renseignement de l’Amiral Bwua’tu et de Pellaeon. Les deux agents des renseignements préviennent Han et Leia que des agents des Squibs, des Flakax du nom de Tito et Yugi, sont sur leurs talons. Une fois partis, les Solo capturent Tito et bluffent pour le pousser à leur révéler pourquoi les Squibs veulent leur mort. Tito leur apprend que le convoi qu’ils ont tenté d’infiltrer se dirige vers les territoires de l’Alliance Galactique pour infiltrer les mondes habités par des races insectoïdes, affaiblis préalablement par la membrosia noire. Han décide de renvoyer Tito aux Squibs.
Luke décide de clarifier les choses avec son neveu, en particulier à propos des révélations de Tahiri sur ce qu’à fait Jacen au dépôt des Chiss. Le jeune Jedi se justifie comme il peut, et son oncle comprend pourquoi il a agi de cette manière. Luke et Mara se rendent compte que Jacen se sert de Tahiri comme d’une espionne au sein du petit groupe de Jedi, ce que Luke refuse de cautionner. Mara intervient alors dans la conversation pour enfin savoir ce que Jacen a fait à Ben, et le jeune Chevalier finit par “admettre” qu’au cours de leur séjour sur Endor, ils ont tous les deux été les témoins de l’attaque d’un Gorax sur un village Ewok et que Ben a ressenti la mort des Ewoks dans la Force. C’est pour cela que Jacen explique avoir modifié la mémoire de Ben, ce dont Mara le remercie, même si Luke demeure sceptique. Mais le Maître Jedi sent toujours que Jacen leur cache quelque chose.
Sur le chemin du retour pour rejoindre les territoires de l’Alliance, le vaisseau des Solo est intercepté par le Real Deal, un transporteur à bord duquel se trouvent les Squibs. Le trio essaye de retenir Han et Leia dans les Régions Inconnues, en sous-entendant notamment de s’en prendre à Jaina, mais Leia voit clair dans leur jeu et pousse son mari à reprendre leur route - et ce, même si cela signifie mettre Jaina en danger. A cet instant, Leia montre que l’Ordre Jedi passe en premier pour elle.
Grâce aux informations transmises par Han et Leia, les Jedi se répartissent les différents mondes à protéger. L’escadrille comportant Luke, Mara et Jacen se situe en orbite au-dessus du monde des Verpine lorsque Jacen engage le combat, sans provocation. Mara se rend alors compte que les Killiks sont bel et bien là, et que Jacen les a senti mieux qu’eux. Au cours de la bataille, Mara capte des transmissions émises par la ruche-mère Verpine. Grâce à Jacen, la victoire revient rapidement aux Jedi. Pellaeon arrive alors à bord du Megador, et est ravi de constater que les Jedi se sont déjà occupés de l’attaque Killik. Il admet cependant qu’une des attaques a réussi -celle portée sur Thyferra- et que l’Alliance est désormais privé de sa principal source de bacta...
Sur Tenupe, le principal front des Régions Inconnues, Jaina mène les troupes Killiks au combat. UnuThul les a en effet nommés elle et Zekk commandants en second, lui-même dirigeant la bataille. La jeune femme est attristée par les morts successives de ses trois aides de communication, des Wuluw, et se retrouve face à trois soldats Chiss. Elle s’en débarrasse rapidement et, à la grande surprise des Chiss, souhaite les soigner afin qu’ils ne meurent pas. Elle est aidée par deux Squibs, envoyés par Grees, Emala et Sligh pour la mettre hors d’état de nuire, ce qu’elle trouve plutôt amusant. Mais rapidement, les Killiks sont dépassés par le nombre de Chiss. Et si Unu pousse ses forces à renouveler l’assaut, Jaina résiste, et est surprise d’apprendre que Raynar souhaite quitter le combat pour se rendre sur la lune de Tenupe. Mais grâce au commandement de la Jedi, et à l’aide de Zekk à bord de sa StealthX, les Kiliks rompent les lignes Chiss et prennent le contrôle du conflit. Les survivants Chiss se replient alors sur de petites îles qui traversent la rivière, et puisque l’ennemi est sur la défensive, Jaina en profite pour coincer les deux Squibs et les faire parler, comprenant ainsi que ses parents et les Jedi sont probablement sur la bonne voie pour mettre fin à la guerre. Elle décide d’attaquer les positions défendues par les Chiss.
Les couples Skywalker et Solo, accompagnés de Jacen, retrouvent le Chef d’État Cal Omas, Pellaeon et le sénateur de Thyferra sur Coruscant pour discuter de la situation sur la planète conquise. La réunion a pour but de développer un plan commun entre les Jedi et l’Alliance pour combattre les Killiks, dont on suspecte une nouvelle attaque dans la Nébuleuse Utegetu. Luke renouvelle l’allégeance des Jedi à l’Alliance, à la grande surprise de Cal Omas, et expose son plan pour mettre fin aux agissements de la Colonie. Omas et Pellaeon sont ravis de ce plan et de l’aide des Jedi.
Dans les hangars du Megador, les Jedi se préparent au combat à venir et qui aura pour objectif la destruction du vaisseau du Nid Noir, qui se situe toujours dans la Nébuleuse Utegetu. Jacen souhaite bon voyage à ses parents, qui partent quand à eux pour parler avec Raynar. Han craint cependant que son fils ait eu une nouvelle vision sur les évènements à venir, mais celui-ci le rassure en lui disant que tel n’est pas le cas. Mara vient ensuite chercher Jacen, car elle estime qu’il a lui aussi le droit de découvrir le passé de son grand-père, ce qui le ravit, d’autant plus qu’il sait que Luke doit vaincre ses doutes pour pouvoir affronter Lomi Plo. Avec l’aide de Ghent, le groupe assiste à la discussion entre Anakin et Padmé sur Mustafar, puis à l‘étranglement de Padmé par la Force. Luke refuse de voir la mort de sa mère, ce que ne comprend pas Jacen, tout comme il ne comprend pas la volonté qu’à Luke d’épargner Raynar Thul. Le jeune homme propose à son oncle de combattre la Reine invisible à sa place, mais Luke refuse, arguant que c’est à lui de le faire.
A bord du Faucon Millenium, Leia et Han, accompagnés de Jae Juun et de Tarfang, arrivent en orbite au-dessus de Tenupe. Le vaisseau est intercepté par un escadron Chiss, dont le leader se révèle être Jagged Fel. Il ordonne à Han de couper les moteurs, mais celui-ci refuse, et Jag est forcé d’ordonner à ses pilotes d’ouvrir le feu. Pour lui échapper, Han fait plonger le Faucon en direction de la planète, mais cette tentative échoue. Jag énumère alors la liste des passagers du Faucon, et les Solo comprennent qu’ils ont été trahis, et par quelqu’un de proche. Han pense immédiatement à Cal Omas (Néanmoins, Jag apprend aux Solo que l'information est passée par lui. Ce qui peut pousser le lecteur à se dire que le véritable informateur n'est pas Omas, mais Jacen... Et au vu de ce qu'on attend de lui dans Legacy, cette impression est certainement la bonne.). Jag déconseille à Léia de se diriger vers la lune, mais Han refuse de l’écouter et mène le vaisseau près de la lune de Tenupe... jusqu’à ce que Léia lui ordonne de se rendre, venant juste de comprendre que la lune est infestée de Killiks, et que Raynar y est.
Luke, Mara et Jacen lancent l’attaque dans la Nébuleuse Utegetu, et font face avec leurs compagnons Jedi à des escadrilles de dartships Killiks. Le trio parvient à s’infiltrer dans le vaisseau du Nid Noir, mais au cours de la bataille, le chasseur de Jacen est touché, sans que le Jedi ne soit grièvement blessé, grâce à Luke. Mais le jeune homme n’a pas le temps de se remettre de ses émotions que Lomi Plo s’en prend à eux. Cette fois-ci, Luke est prêt et parvient à la voir (Jacen la voit lui aussi), il engage le combat contre elle. Lomi parvient cependant à s’enfuir, non sans avoir au passage blessé gravement Mara et Jacen, qui voulait protéger sa tante, ce qui stoppe net Luke dans ses mouvements. Jacen accuse le Maître d’avoir montré à Lomi une de ses faiblesses.
Leia est conduite dans une salle d’interrogatoire d’un destroyer Chiss. Elle prend rapidement la direction de l’interrogatoire, même si le Chiss qui l’interroge, Baltke, menace de s’en prendre à Han si elle refuse de coopérer. Grâce à la Force, Léia pousse le Chiss à s’injecter le sérum de vérité que l’extraterrestre voulait lui injecter, et la Jedi engage alors la discussion en expliquant le plan de son frère : après avoir détruit le Nid Noir, il souhaite ramener Raynar Thul au sein de l’Alliance. Le plan devait également permettre à une escouade Killik d’investir un destroyer, afin de prouver aux Chiss qu’une guerre totale n’ait pas la solution à ce conflit. Leia comprend alors que les Chiss ont prévu d’exterminer les Killiks, en lâchant sur leurs mondes des bombes-parasites qui anéantiront les insectoïdes dans un délai d’un an. Han et Saba viennent la délivrer sans rencontrer de réelles difficultés.
Les médecins sont formels : Mara et Jacen ont été trop gravement blessés pour pouvoir repartir au combat. Jacen propose à Luke d’attendre que Mara et lui soient guéris, mais le Maître refuse l’offre, en mettant en avant le fait que Plo est déjà affaiblie. Pour l’en convaincre, Jacen provoque une illusion dans a Force et fait croire à Luke que sa femme est morte ; une fois l’illusion révélée, Luke est convaincu qu’il doit connaître la vérité sur la mort de sa mère et assiste ainsi à sa propre naissance et à celle de sa soeur. Luke remercie Jacen - et Mara commence à penser que Jacen ferait un parfait commandant en second pour Luke, très bientôt. Luke retrouve ensuite Gilad Pellaeon à bord du Megador et lui expose son plan. L’Amiral a du mal à accepter ce que prône Luke, mais finit par céder.
A bord de leurs chasseurs, Jaina Solo et Zekk continuent de défendre la Colonie. Dans les airs, ils retrouvent Jagged Fel qui blesse Jaïna par les paroles qu’il prononce. Dans la Force, les deux jeunes Jedi sentent l’arrivée de Leia et Saba qui les mettent grossièrement au courant du plan des Chiss, lorsqu’une nouvelle présence se fait sentir dans le lien : Alema Rar. La Twi’lek ouvre elle aussi le feu sur les vaisseaux Chiss transportant les bombes, mais l’un d’entre eux parvient tout de même à larguer deux bombes sur Tenupe.
A bord du destroyer Chiss, le Full Defender, le groupe décide de récupérer le Faucon Millenium. Une fois évacué du destroyer, le vaisseau atteint l’orbite de Tenupe et se dirige vers la surface, à la poursuite des vaisseaux Chiss porteurs de bombes-parasites. Jagged Fel les prend alors en chasse, et Leia lui annonce qu’ils vont être forcés de l’abattre. Ce qu’ils font, sans être capable de déterminer si oui ou non Jag a eu le temps ou non de s’éjecter de son appareil. Han dirige le Faucon vers la direction approximative où les bombes ont atterris, et le groupe se sépare afin de les trouver et les désamorcer le plus rapidement possible. Saba découvre le chasseur d’Alema Rar, ce qui les pousse à faire preuve de la plus grande prudence. Pendant que Saba s’occupe d’une des deux bombes, Leia tombe sur Alema Rar, et les deux Jedi engagent un combat au sabre-laser. Bien que la Twi’lek soit plus rapide que Leia, cette dernière parvient à la faire tomber dans la gueule d’un gros prédateur de la jungle, se débarrassant ainsi du Héraut Noir Gorog. Saba admet alors avoir assisté au combat et son apprenti et elle s’occupent ensemble de la dernière bombe, faisant ainsi échouer le plan des Chiss.
Accompagné de plusieurs droïdes de guerre CYV modifiés pour s’adapter aux Killiks, Luke infiltre l'Amiral Ackbar, le destroyer de l’Alliance que les Chiss ont capturé lors de leur fuite de la Nébuleuse Utegetu. Le plan prévu par l’Amiral Bwu’atu marche à la perfection (visiblement, il n’a pas démérité sa réputation en ayant battu le simulateur Thrawn !). En progressant dans les coursives du destroyer, Luke retrouve enfin Raynar Thul et tous deux commencent à se battre. Skywalker perçoit la présence de Lomi Plo toute proche, mais fait semblant de ne pas la sentir et, par de simples paroles, parvient à calmer Raynar et discute avec lui. Derrière les mots de Raynar, Luke comprend que c’est Lomi Plo qui parle, et lorsqu’elle apparaît pour de bon, avec deux sabre-lasers (dont celui de Luke que Raynar lui a pris sur Woteba) et un nouveau duel débute alors. Mais cette fois-ci, Luke est prêt, et domine largement le combat. Skywalker finit par la trancher en plusieurs morceaux, et ramène avec lui un Raynar qui a sombré dans l’inconscience lorsque Lomi Plo a relâché son emprise sur lui.
Han et les Jedi se réunissent à bord du Megador avec Pellaeon et discutent avec l’Aristocra Formbi. Luke lui assure que la Colonie n’est désormais plus une menace, tout comme Raynar, qui est branché sur un modulateur fixé à son cerveau. et qui le fera souffrir à chaque fois qu’il pensera aux Killiks, jusqu’à ce que son esprit soit libéré de son côté “Joiner”. Skywalker confirme que les mondes de la Colonie ont été infestés par une technologie similaire à celle qui existait sur Woteba, empêchant ainsi les Killiks de trop augmenter leur nombre. Formbi souhaite également que l’Allaince et les Chiss signent un pacte d’alliance dans l’hypothèse d’une nouvelle attaque Killik, et Pellaeon accepte immédiatement. L’Aristocra leur apprend également que Jag Fel n’a pas encore été retrouvé, puis il coupe la communication. Saba prend le sabre de Léia et lui déclare qu’elle doit s’en construire un nouveau, et Luke fait officiellement de sa soeur un Chevalier Jedi. Skywalker prend également la décision de faire quitter les Jedi du Conseil Provisoire, car il estime que le rôle des Jerdi est de servir et d’aider, et non de gouverner. Mais lorsque Pelleaon lui demande ce qui se passera si jamais il ne peut plus diriger l’Ordre, Luke est forcé d’admettre qu’il ignore la réponse...