Plus tard, Bakarn survécu à la destruction du Temple et se plia au Traité de
Coruscant. Il fut l'un des Jedi à l'origine de l'installation de l'Ordre sur
Tython. C'est à cette époque qu'il intégra le Haut Conseil aux côté du Grand Maître
Satele Shan. Il participa à la construction du nouveau Temple, en particulier avec les Archives jedi ou la Salle des Cartes.
Mais
Syo Bakarn avait été corrompu par l'Empereur
Vitiate. Ce dernier avait secrètement introduit une seconde personnalité au maître Jedi, une personnalité dormante, inconnue de Bakarn lui-même. Il fut le Premier Fils de ce qu'on appela les
Enfants de l'Empereur, des agents dormants infiltrés dans les plus hautes sphères de la République. Les grands pouvoirs de Bakarn permettaient aux autres Enfants de ne pas être détecter. Mais il fut découvert par un Jedi Consulaire surnommé le
Barsen'thor. Après avoir révélé sa double identité, le Consulaire affronta Bakarn et il le libéra de l'influence de l'Empereur, exposant ainsi le reste des Enfants. Fort de sa victoire, le Consulaire prit la place de Syo Bakarn au sein du Conseil.