En +40,
Turr Phennir fut nommé comme commandant suprême des forces de la
Confédération dans sa lutte contre l'Alliance Galactique. Son premier acte aura été de tendre un piège à
Jacen Solo et à la flotte de l'Alliance en improvisant une cession de vote factice sur
Gilatter VIII. Mais le colonel Solo prévint à temps la flotte qu'ils allaient entrer dans un champ de mines, et la bataille fut qu'un affrontement timide entre les deux flottes, que la Confédération a tout de même salué comme une victoire de son nouveau commandant suprême.
Plus tard,
Phennir ourdit le début d'un complot contre le Premier Ministre
Sadras Koyan avec
Denjax Teppler. Phennir n'avait pas été informé du plan de Koyan d'utiliser la station
Centerpoint contre l'AG, et l'incompétance du Chef d'Etat n'était plus à démontrer. Quand Centerpoint fut attaqué par l'Alliance, Phennir refusa d'envoyer une flotte de renfort jusqu'à ce que Koyan soit écarté du pouvoir, ce qui fut le cas, quand, dirigé par les fausses informations de Teppler, Koyan fut tué par les soldats de l'Alliance. Depuis, Phennir a acquit l'essentiel du pouvoir dans la Confédération.
Après la bataille de
Shedu Maad et la mort de
Dark Caedus, la Confédération se rendit à l'AG, mais fut autorisé à continuer à exister. Phennir garda le contrôle d'une flotte réduite. En +43, le général, ainsi que le co-chef d'Etat Denjax Teppler, furent présent lors du sommet de l'Unification à
Coruscant, en compagnie des chefs d'Etat
Natasi Daala pour l'AG et
Jagged Fel pour les
Vestiges de l'Empire, dans le but de concilier ces trois puissances après les cicatrices laissées par la Seconde Guerre Civile Galactique.