Arligan Zey était un humain sensible à la Force qui fut emmené au Temple Jedi où il devint Maître Jedi et prit en formation le jeune Bardan Jusik. C'était un homme barbu de forte carrure peu habitué aux bureaux et à être loin de l'action.

Après le début de la Guerre des Clones, il fut promu au rang de général de la  Grande Armée. Il soutenait l'idée de la création de l'armée de clones, et avait connaissance de la branche des clones Nulls.  Il supervisa les opérations menées sur Qiilura par l'escouade Oméga après la disparition de Kast Fulier et sa Padawan, puis s'occupa de l'évacuation des commandos et de la scientifique Séparatiste Uthan. Il fit élever par la suite Etain Tur Mukan et Bardan Jusik au rang de Chevalier Jedi et supervisa le nettoyage de Qiilura de la présence séparatiste, selon l'accord avec les Gurlanins.

Par la suite, il fut promu au poste de directeur des Opérations Spéciales, dans la branche des renseignements, avec le Maitre Iri Camas. Il lui fut affecté le capitaine ARC Maze comme aide de camp et agent de liaison. Lors des attaques terroristes de Coruscant quasiment un an jour pour jour après le début du conflit, Zey assigna les Forces de Sécurité de Coruscant sur les lieux pour investigation. Cependant Kal Skirata, alors sur place, demanda d’urgence une réunion avec le Jedi. Selon lui, la cellule terroriste séparatiste se trouvait sur Coruscant même et était surement aidée par une taupe au sein des forces de sécurité. Il proposa alors une opération secrète visant à détruire cette cellule avec l’aide des escouades Delta et Omega. Face à la dangerosité d’une menace terroriste dans la capitale de la République, Zey accepta à contre cœur et officieusement fit le lancement de cette opération clandestine, ceci sans avertir le Sénat ou le Conseil Jedi.

Plus tard, le Maître Jedi fit des découvertes sur les chiffres de la guerre, notamment sur le nombre de droïdes séparatistes produits qui était largement inférieur aux estimations annoncées par les services de renseignement. Il proposa, selon les conseils de Skirata, de concentrer les attaques de la République sur des cibles précises mais ses idées furent repoussées par Palpatine qui, pour le tenir occupé, lui ordonna de se mettre à la recherche de Ko Sai, la scientifique Kaminoenne. Il chargea l'escouade Delta et son ancien Padawan de trouver Sai, mais ignorait que Bardan jouait l'agent double pour Kal Skirata, également sur la piste de la scientifique. Lorsque le Mandalorien trouva Ko Sai, il offrit la tête de celle-ci à l'escouade Delta pour Zey.

Au cours de la guerre, il éprouva de la sympathie pour les clones et offrit à Maze de l'aider à quitter l'armée s'il le désirait, notamment après avoir appris la vérité sur l'exécution des déserteurs et les conditions de vie des clones.  Lorsque Bardan Jusik quitta l'Ordre Jedi, Zey, comprenant ses intentions, lui permit de conserver son sabre laser malgré le fait qu'il rejoignait les Mandaloriens.
Zey demanda aussi à Walon Vau de le tenir informé des agissements de Kal Skirata, le soupçonnant de trahison, mais Vau révéla la teneur de sa mission à Skirata dans l'ignorance de Zey.

À la fin de la guerre, suite à l'attaque de Coruscant par les Séparatistes, Zey passait plus de temps à consulter le Conseil Jedi au Temple, et se trouvait dans le bâtiment lors du déclenchement de l'ordre 66. Il réussit à échapper au massacre avec de graves brûlures et rejoignit le siège des Opérations spéciales où se trouvait le Capitaine ARC Ordo. Ce dernier le questionnait sur la situation en cours lorsque Maze fit irruption pour suivre les ordres. Tandis que Zey tentait d'expliquer à Maze la nature de Palpatine, l'ARC offrit à Zey de se rendre pour être jugé. Le Maitre Jedi refusa de devenir un prisonnier des Sith et ordonna à Maze de suivre les ordres et de le tuer.

Cependant, Maze épargna le Général puis le cacha avant d'arriver clandestinement à Kyrimorut, sur Mandalore, pour la plus grande surprise de Ordo et Kal Skirata, et reçut un accueil glacial. Il y retrouva son ancien Padawan et d'autres Jedi, puis finit par rejoindre le clan des Jedi Altisiens, ne pouvant s'intégrer à la communauté Mandalorienne.