Le SIS (plus connu sous le nom de Service d’Intelligence Stratégique) fut fondé plusieurs années avant le début de la Grande Guerre Galactique qui opposa la République à l’Empire Sith de Dark Vitiate. Travaillant au départ exclusivement pour la branche de la Bibliothèque du Sénat, les excellents résultats du SIS prirent assez d’ampleur pour que l’organisation soit promulguée à un plus haut rang.
Le premier acte important des dirigeants du SIS fut la construction d’un immense centre de détention sur Belsavis, dans un ancien complexe pénitentiaire qui ne servait plus depuis de longues années. Les documents relatant l’histoire de cette prison restèrent troubles du fait du grand nombre de détenus classifiés comme criminels de guerres, assassins, terroristes et espions ennemis.

Lorsque la Grande Guerre éclata en 3681 BBY, la liberté d’action du SIS prit plus d’ampleur, mais ne put rivaliser face à son rival Sith à cause du faible budget alloué au service d’espionnage par la République. Pendant près de vingt ans, les missions d’infiltrations dans les rangs Sith se soldèrent souvent par des échecs ou par un trop peu d’informations sur les rangs ennemis. Ils multiplièrent malgré tout les missions de moindre importance comme la capture du Prince Shange qui s’opposa à l’adhésion de la planète Cathar, ou à l’alliance avec le Jedi Jaric Kaedan pour emprisonner sur Belsavis les Maîtres d’Effroi. La Guerre Froide frappa la galaxie à partir de 3653 BBY, et le SIS fut au centre de tous les débats de la République. Malgré leur faible expérience dans le domaine, les hauts responsables installèrent divers postes d’espionnage comme ceux d’Anchorhead ou Nar Shaddaa. Le SIS vécut des jours plus sombres les mois suivants avec la disparition de plusieurs agents qui tentèrent d’infiltrer le système Vesla, ainsi que la mise en examen de l’ex-femme du directeur de l’époque. Lorsqu’il entendit certains échos relatant le retour du Maître Jedi Ngani Zho, le directeur fit appel à Theron Shan pour retrouver la trace de son ancien mentor et jouer la carte affective. Accompagné d’une contrebandière Twi’lek nommée Teff’ith, Theron retrouva la trace de Zho dans un endroit secret de Taris. Ils furent attaqués par trois Sith envoyés par Dark Mekhis, mais réussirent à vaincre leurs adversaires grâce à un Ngani Zho au sommet de son art. Theron profita d’une période calme pour interroger le Jedi sur le système Vesla qui posa tant de problèmes à la République. Zho exposa ainsi la présence de Dark Mekhis et de ses terribles armes de destruction massive comme le Sun Razer, pouvant réduire à néant plusieurs régions d’une planète. Theron en informa son directeur qui lui exposa la chute du poste de Nar Shaddaa et la mobilisation de la Garde Impériale préparant une attaque imminente. Theron reçut l’autorisation de se rendre en compagnie de Zho dans le système Vesla pour enquêter sur Mekhis, sans toutefois prendre de risque pouvant nuire au SIS. Une fois sur place, le trio observa pendant plusieurs jours la rotation des planètes et disposèrent divers sondes qui retrouvèrent la trace de la Sith, mais furent capturés par les soldats de cette dernière qui ordonna l’exécution de Maître Zho. Theron réussit tant bien que mal à se défaire de ses liens et à libérer ses alliés de leurs entraves, ce qui causa une colère noire chez Mekhis qui envoya toutes ses troupes à l’assaut des trois fugitifs. Theron se servit de cette occasion pour s’infiltrer dans les quartiers de Mekhis et l’assassiner grâce aux fléchettes cachées dans son bracelet, mais la réussite ne fut pas totale pour le groupe, avec la mort de Ngani Zho qui se sacrifia pour sauver Teff’ith devant une poignée d’assaillants armés. L’espion républicain ne se laissa pas abattre et détruisit le Sun Razer, causant ainsi une grande perte à l’ennemi Sith.

De retour sur Coruscant, Theron fut reçu par Marcus Trant qui le félicita pour sa mission, mais lui apprit également l’existence d’autres armes provenant de la cellule de Dark Mekhis comme le Gantelet et le Haute Lance. Durant les jours suivants, le SIS connut une nouvelle mission périlleuse à l’intérieur même des structures de Coruscant avec le vol des plans d’une nouvelle arme républicaine pouvant renverser le cours de la guerre. L’agent Galen fut envoyé en urgence sur le terrain, et ne tarda pas à trouver le coupable, un contrebandier Rodien du nom de Vistis Garn. Les plans furent simples à récupérer, mais ce simple vol cachait en réalité une opération bien plus vaste menée par le Soleil Noir afin de kidnapper le Docteur Tarnis. Galen mit sur pied une escouade de divers bureaux et organisations militaires afin de prendre d’assaut le quartier général du Soleil Noir. Assisté par le Chevalier Jedi Kira Carsen, Galen se fraya un chemin dans la citadelle de l’organisation criminelle, jusqu’à trouver Salarr, chef du Soleil Noir, en pleine conversation holo avec Tarnis qui se révéla être le fils de Dark Angral et qui était mêlé à la conspiration. Galen se débarrassa non sans mal de Salarr, pendant que Carsen prit en chasse Tarnis, bien décidé à semer le chaos sur Coruscant en déclenchant une super-arme cachée dans les ruines du Temple Jedi. Le Sith fut tué, et la menace neutralisée après un long combat remporté par les Jedi. Par conséquent, le SIS se pencha sur les activités du Soleil Noir, et la plupart de leurs activités criminelles furent stoppées.

En 3640 BBY, le SIS entendit de nombreuses rumeurs sur la révélation d’une nouvelle arme Sith appartenant autrefois à Dark Mekhis : Le vaisseau Haute Lance. Plusieurs rapports firent état de l’appartenance du vaisseau à Dark Karrid, ancienne padawan de Gnost Dural qui infiltra les rangs Sith sur demande de son maître et qui succomba finalement aux sirènes du Côté Obscur, devenant l’apprentie de Dark Malgus en personne. Le Haute Lance se révéla être une menace potentielle aussi bien pour la République que pour l’Empire Sith. Avec une telle puissance de feu, Karrid savait pertinemment qu’aucune flotte ne pouvait lui résister. Marcus Trant et Jace Malcolm mirent sur pied une opération secrète nommée « Fin de Partie », et rassemblèrent leurs meilleurs hommes, ainsi que le Maître Jedi Gnost Dural et Theron Shan. Après de longues recherches qui menèrent le duo d’espions sur différents mondes, ils obtinrent finalement les renseignements adéquats pour s’infiltrer à bord du vaisseau Sith. Ils mirent au point un stratagème poussant Karrid à capturer Gnost Dural afin que ce dernier révèle de fausses informations pour envoyer le Haute Lance aux abords de Duro, là ou attendait la flotte républicaine. Le Haute Lance arriva au milieu d’une bataille où le Moff Nezzor fut terrassé par Jace Malcolm et ses troupes, avant de lui aussi imploser après que Theron neutralisa Karrid et fit subir de lourds dommages à la salle des machines. Le descendant de la dynastie Shan et Gnost Dural purent quitter le vaisseau tant bien que mal, et furent décorés par leurs pairs.

Deux ans plus tard, Theron se retrouva une fois encore en tant que représentant du SIS lors d’une mission de grande importance. Il se méfiait des agissements du colonel Rian Darok qui était en réalité un partisan de l’Ordre de Revan, et complotant avec un ennemi Sith : Dark Arkous. L’espion républicain entra en contact avec Lana Beniko, la conseillère d’Arkous pour mêler leurs efforts et défaire cette dangereuse organisation. Theron et Lana créèrent une petite coalition secrète et se rendirent sur Manaan pour espionner les agissements de leurs supérieurs. Ils découvrirent sur place des plans d’une antique arme Rakata ainsi que plusieurs schémas permettant de fabriquer une armée de cyborgs. Arkous ne voulant rien révéler, fit écrouler la structure qui tomba sur l’équipe dirigée par Theron. Dans leur poursuite, Theron et Lana reçurent l’aide de Jakarro, un contrebandier Wookiee emprisonné par les Revanites après une livraison de fournitures médicales. La traque dura jusque sur Lehon, où Arkous et Darok furent enfin capturés et interrogés sur leurs agissements. Ils furent tués après avoir refuser de se soumettre aux questions, faisant ainsi place au véritable leader de la conspiration, Revan lui-même. Après ces événements, le SIS désavoua Theron en ordonnant un mandat d’arrêt sur sa personne, mais Marcus Trant réussit à obtenir pour son meilleur agent la peine minimale. Le SIS ne prit pas part à la suite de « l’affaire Revan », préférant continuer à neutraliser les agissements Sith à divers endroits de la galaxie.

Un certain temps après la fin de cet immense conflit, le SIS fut remplacé par le Bureau du Conseil du Sénat jusqu’à la période des Grandes Paix Galactiques, sans que l’on sache précisément en quelle année il fut dissout. On ignore donc s'il participa à la guerre contre l'Empire Eternel.