Du Noyau intérieur à la Bordure extérieure, les combats qui opposent les troupes de clones de la République aux droïdes séparatistes du comte Dooku déchirent la Galaxie... Située entre Épisode II et Épisode III, cette nouvelle série nous conte les exploits d'Obi-Wan, Anakin, Ahsoka, Yoda, Mace Windu et bien d'autres durant la légendaire Guerre des Clones.

Des soldats clones menés par le major Kendal Ozzel et le Maître Jedi Plo Koon combattent les Séparatistes sur la planète Khorm.

Anakin Skywalker est mis au défi par un membre de la Confédération.