Pendant la Guerre des Clones, la Confédération des Systèmes Indépendants comprend rapidement la supériorité de la Grande Armée Républicaine et de ses contingents de clones par rapport aux droïdes. Elle décide donc d’utiliser elle aussi la technique de clonage pour se constituer une armée de clones. Mais contrairement à la République, le modèle de base n’est pas un humain mais un Morgukai du nom de Bok, qui sera tué ultérieurement par Aalya Secura pendant le Siège de Saleucami.

Cette armée est produite sur Saleucami, dans des chambres de magma situées sous la surface de la capitale et sur ordre du Jedi Noir Sora Bulq. Elle est entraînée par les Anzati, qui leur enseignent leur art de l’assassinat et de la clandestinité. C’est pourquoi on appelle aussi l’Armée Clone Morgukai, « Armée de l’Ombre ». Elle est équipé de lames en alliage de cortosis parfaites pour s’attaquer à leurs cibles de prédilection : les Jedi.

En menant une enquête pour retrouver Sora Bulq, le Maître Jedi Tholme découvre l’existence de cette armée et avertit immédiatement le Conseil Jedi. La République décide d’envoyer son armée pour anéantir cette menace. Mais les défenses de Saleucami sont solides. Les contigents de clones Morgukai envoyés contre les Républicains résistent parfaitement et la bataille se transforme en siège interminable. Heureusement, Tholme (présumé mort), agit dans l’ombre et sabote les installations séparatistes. Après cinq mois de combats incessants et un dernier assaut sur le centre opérationnel des Séparatistes, Aayla Secura, Quinlan Vos et Tholme réussissent à désactiver le bouclier du centre de la capitale et le canon planétaire qui empêchait la flotte républicaine de bombarder les installations de production de clones. L’attaque que s’ensuit détruit totalement le complexe de clonage, mettant ainsi un terme à l’existence de l’Armée de l’Ombre.