Qu’est-il arrivé à Naboo et aux Gungans? Ils ne sont pas mentionnés dans les Episodes IV, V et VI. Ont-ils été détruits?

Pas nécessairement. Rappelez-vous que c'est une vaste galaxie. Ce n'est pas parce que quelque chose n'est pas mentionné qu'il a disparu. Ni Dantooine, ni Yavin ne sont mentionnés dans les Episodes V et VI, et pourtant elles n'ont pas été détruites.
De la même manière le Népal n'est pas mentionné dans le Temple Maudit ou La dernière Croisade, mais il existe encore.