Sur la planète Agamar, théâtre d'une bataille de la guerre des clones, Kanan, Ezra, Zeb, Rex et Chopper viennent fouiller un vaisseau séparatiste pour y récupérer des armes, des munitions et des bombes à proton. Les quatre rebelles se font cependant capturer par un bouclier-laser et des droïdes de combat séparatistes les amènent à Kalani, un super droïde tactique qui a refusé de se désactiver après l'Ordre 66 croyant à une ruse républicaine.
Kalani reste frustré par le dénouement de la guerre des clones, statistiquement les séparatistes auraient dû gagner face à l'armée républicaine, et il veut profiter de la présence d'un Jedi, de son Padawan, et d'un clone pour prouver que son camp avait les meilleures tactiques de combat. Zeb reste donc l'otage de Kalani que les trois humains doivent libérer, comme ce fut le cas dans de nombreuses missions durant la guerre des clones.
Entre temps, Chopper, laissé seul, trouve une navette Sheathipede et en profite pour envoyer un message de détresse à Hera et Sabine, mais Pryce intercepte le signal et envoie des troupes sur Agamar.
Rex prend la tête de l'équipe, il prend très au sérieux cette mission comme s'il s'agissait réellement d'une bataille de la guerre des clones. Par différentes tactiques qui combinent force de frappe du soldat et utilisation de la Force, l'équipe parvient à éliminer de nombreux droïdes de combat et droïdekas. Ezra est impressionné par le conditionnement du clone et son envie de vaincre, qu'il compare à son adversaire mécanique. Une fois arrivés au centre de commandement et la mission finie, Ezra estime que personne n'a gagné cette bataille comme personne n'a gagné la guerre des clones, sauf l'Empire.
C'est à ce moment-là qu'apparaissent les troupes de Pryce. Face aux AT-AT et AT-DP déployés, ni le groupe rebelle ni ce qu'il reste des droïdes séparatistes ne peut espérer vaincre l'Empire. Rex et Kalani acceptent alors de s'allier face à leur ennemi commun, le successeur de la République. Jedi et droïdes s'associent pour faire exploser les bombes à proton au pied des quadripodes, ce qui libère un chemin pour s'enfuir dans les vaisseaux de transport neimoidiens abandonnés. Une fois en orbite Rex et Kalani estiment qu'Ezra a mis définitivement fin à la guerre des clones, et que droïdes et clones sont maintenant quittes.
Quant aux rebelles, s'ils n'ont pu récupérer des armes, des munitions ou des bombes à proton sur Agamar, ils ont néanmoins trouvé leur Phantom II.
Dago