"Entre The Clone Wars et Rebels
Avant de partir sur Coruscant pour sauver le chancelier Palpatine enlevé par le général GrievousNote 3,14, Anakin laisse à Ahsoka une partie du bataillon de clones, incluant le capitaine Rex, afin de continuer le combat sur Mandalore, une planète occupée par le Sith Dark Maul15. Le chancelier Palpatine, qui se révèle être le seigneur Sith Dark Sidious, lance l'Ordre 66, une commande dévastatrice qui ordonne aux clones de se retourner contre les Jedi et les abattre15. L'Ordre permet à Maul de s'échapper15. En conséquence, les clones sous les ordres d'Ahsoka se retournent contre elle, à l'exception de Rex qui avait déjà enlevé sa puce inhibitrice, l'implant cérébral qui contraint chaque clone à se conformer à l'Ordre 6615,16. Ahsoka et Rex parviennent à échapper aux clones mais ils doivent simuler leur mort15. Ils mettent alors l'armure de Rex sur un corps d'un clone mort, qui en conséquence à la même apparence physique, et l'entèrent15. Estimant qu'il était trop dangereux de rester ensemble, Rex et Ahsoka se séparent15.
Un an après l'exécution de l'Ordre 66, la plupart des soldats clones ne sont plus en service et sont remplacés par les stormtroopers17."