Mais
HK-47 n'entendait pas rester sans nouvelles de son maître. Malgré les interdictions de Bastila, il partit à sa recherche. Son voyage lui valut encore de très gros dégâts et il fut démembré. Mais un autre droïde de
Revan,
T3-M4, le découvrit et le plaça à bord de l'
Ebon Hawk.
Meetra Surik, une ancienne Jedi, et d'autres individus qui tentaient d'échapper à un Sith trouvèrent refuge à bord de l'
Ebon Hawk. Il découvrirent le droïde et furent en mesure de le réparer à l'aide de pièces de modèle HK-50. Réactivé, HK-47 s’offusqua d'avoir été reconstruit à partir de banales copies n'ayant aucun talent, et il se jura de les détruire. Néanmoins, il accompagna Surik durant son périple à la recherche d'anciens Maîtres Jedi.
Les dégâts qu'il avait subits avaient tout de même affecté certains de ses protocoles, et HK devint de plus en plus violent. De plus, sa curiosité sur son passé le poussa à chercher des informations, notamment dans l'ordinateur de navigation du vaisseau. Mais T3-M4 l'en empêcha et effaça ses désirs de sa mémoire. HK continua alors ses aventures aux côtés de la Jedi jusqu'à la bataille de
Telos IV durant laquelle il quitta le groupe et captura un HK-50 afin de découvrir leur lieu de production, ce qui pourrait le ramener à son maître. Là, il rallia les HK-50 à sa cause et les retourna contre leur ancien commandant, G0-T0. Sa mort permit au groupe d'aventuriers de détruire
Malachor V ainsi que
Dark Traya.
Après la mort du Sith, HK-47 repartit de son côté à la recherche de son maître, et Surik fit de même. Cette dernière le retrouva en premier sur
Dromund Kaas, nouveau centre d'opération de l'Empire Sith. A eux deux, ils tentèrent d'assassiner l'Empereur mais échouèrent. Surik perdit la vie et Revan fut placé en stase. Le droïde mit près de 300 ans avant de retrouver enfin son concepteur. Peu avant cela, Revan avait réussi à se libérer grâce à une force d'attaque républicaine. Les deux compagnons se mirent alors en route pour la Fonderie, une ancienne station spatiale Rakata. Le Jedi avait l'intention de s'en servir afin de créer une armée de droïdes capable de détruire l'Empire Sith.
Mais l'Empereur eut vent de ces plans, et il envoya un groupe d'intervention afin de les arrêter. HK-47 s'interposa et fut en partie détruit. Ses composants furent étudiés et il fut reconstruit et reprogrammé pour servir
Dark Malgus. Mais une fois encore, le droïde fut vaincu en défendant son nouveau maître.