La République, autrefois si paisible, est aujourd'hui dans la tourmente. La Taxation des routes commerciales des systèmes stellaires est contestée. La puissante et cupide Fédération du Commerce espère résoudre le conflit par la force et l'intimidation. Une armada de vaisseaux de guerre a imposé un embargo sur la planète pacifique de Naboo ; cependant, sa souveraine – la Reine Amidala – refuse de se soumettre aux exigences de la Fédération.

Deux Chevaliers Jedi, Qui-Gon Jinn et son disciple Obi-Wan Kenobi, sont envoyés par le Chancelier Suprême de la République pour régler par la diplomatie ce conflit avant qu'il ne dégénère. Les Jedi arrivent, s'attendant à de simples négociations avec les vice-rois de la Fédération du Commerce. Mais cela cache des motivations plus sombres. La Fédération est contrôlée par un personnage mystérieux, vu seulement au travers d'un hologramme – le Seigneur Dark Sidious.

Qui-Gon Jinn et Obi-Wan Kenobi découvrent que la Fédération du Commerce se prépare à lancer ses armées dans un combat ouvert contre Naboo. Dans sa fuite, le vaisseau de la reine est endommagé et le groupe atterrit sur l'aride planète Tatooine pour des réparations. Ils y rencontrent un jeune esclave, Anakin Skywalker.

Qui-Gon sent qu'Anakin est celui qui apportera l'équilibre à la Force. Mais le temps presse alors que les forces du côté obscur révèlent leurs plans maléfiques – et que l'étau du destin se resserre sur la Galaxie.