La phase finale du plan de Dark Sidious est en marche. Suite à un sérieux revers de fortune de la part des troupes séparatistes, il est temps de porter un coup au cœur de la République : Coruscant.
Le Sith charge alors le Général Grievous et le Comte Dooku de commander l’opération et leur fournit l’emplacement des défenses orbitales et des champs de mines de la capitale. Pendant que des diversions seront lancées dans les régions les plus éloignées de la galaxie, une immense flotte regroupée sous l’étendard de la Main Invisible, commandé par Lushros Dofine, rejoindra son objectif par les routes secrètes et dangereuses du Noyau Profond…

Les raids sur la Bordure Extérieure ont porté leur fruit. Trop occupés à pourchasser le Général Grievous sur les différents fronts, les Jedi ont délaissé Coruscant.
C’est ce que déplore Maître Yoda lorsqu’il aperçoit des milliers de chasseurs et de transporteurs de la Fédération du Commerce envahir le ciel de la capitale, lancés avant que le bouclier planétaire ne soit levé.
Les rues sont déjà bondées de droïdes de combat et des croiseurs ennemis affluent encore de l’hyperespace. Les défenses doivent s’organiser rapidement. Aux commandes de son monoplace, Mace Windu sillonnera les airs entre les immeubles tandis que Saesee Tin mènera l’assaut dans l’espace.



Du côté des civils, l’évacuation est en marche ; chacun cherchant à rejoindre les abris au plus vite.
Alors qu’il désintègre les droïdes un par un, le chasseur de Windu se trouve piégé et détruit dans un essaim compact de tri-droïdes. Le Jedi n’a d’autre choix que de sauter dans le vide, tombant de plusieurs dizaines d’étages avant de se rattraper sur le dos d’un chasseur de la Fédération. Profitant de sa position, Windu provoque un court-circuit dans les entrailles du droïde et en prend le contrôle, détruisant les ennemis environnants à l’aide de son sabre laser.
De son côté, Saesee Tin est pris en pleine bataille spatiale. Il fait atterrir son chasseur dans le hangar d’un croiseur de la République qui vient d’être percuté par un vaisseau ennemi sorti de l’hyperespace. Le bâtiment est perdu, il va falloir l’évacuer. Equipés de combinaisons anti-gravité, le Jedi et les clones s’élancent à l’abordage du croiseur séparatiste Prospère. Maître Tin et ses troupes s’emparent du vaisseau et redirigent les canons turbolasers sur l’ennemi.

Au sol, Yoda se dresse seul face à un nombre incalculable de droïdes. Faisant appel à la Force, le Maître Jedi soulève des lignes entières de droïdekas, percutées par les forces aériennes, et provoque une collision entre plusieurs transports. C’est alors que le Commandant Thire envoie un appel de détresse : le secteur 4 est submergé. L’ordre de repli envoyé quelques instants plus tôt est annulé lorsque Yoda, bientôt rejoint par Mace Windu, arrive en renfort.



Depuis son bureau au 500 Republica, le Chancelier Suprême Palpatine observe les combats qui font rage dehors. Il est interrompu par un groupe de clones mené par Shaak Ti et deux autres Jedi, Foul Moudama et Roron Corobb : il faut rejoindre le bunker de sécurité au plus vite.
Soutenant qu’il n’a rien à craindre, le Chancelier est pourtant désabusé lorsque le Général Grievous fait irruption dans ses appartements. Aussitôt, les Jedi prennent la fuite avec Palpatine tandis que les clones et les gardes tentent de retenir l’impitoyable cyborg… en vain. Grievous se lance à la poursuite de ses ennemis mais est arrêté in extremis par des poussées de Force et le cri sonique du Jedi Ithorien à quatre gorges, Roron Corobb, alors que le groupe entre dans le turboélévateur.

Arrivés en bas de l’immeuble, les Jedi sont horrifiés de constater qu’ils sont attendus par des super-droïdes de combat, bientôt rejoints par leur chef. Cette fois, le cri de l’Ithorien n’a pas raison de Grievous et le groupe est obligé de fuir, pris en chasse par les Magna Gardes sur les nombreuses passerelles de la ville. La course-poursuite les amène dans les tunnels du turbométro Mag Ley. Là, un féroce duel s’engage avec les droïdes IG-100. Les Jedi finissent par prendre le dessus mais se retrouvent face à Grievous, accolés contre un mur. Alors que leur adversaire se prépare à frapper, Shaak Ti use de la Force pour nouer la cape du général à un transport, l’expédiant à des kilomètres de là. Il faut maintenant se hâter de rejoindre le bunker.

Les combats continuent dans la cité. Les armées séparatistes sont tenues en respect par les clones des Commandants Thire et Appo ainsi que par les Maîtres Yoda et Windu. Pourtant, ces derniers s’étonnent de la nature de l’attaque : les droïdes ont débarqué en masse mais ni le Sénat, ni le Temple Jedi n’ont été pris pour cible. Il devient évident que ce n’est qu’une diversion ! Palpatine est l’objectif réel ! Windu réquisitionne une canonnière pour se rendre au plus vite auprès du Chancelier.
Les Jedi et Palpatine finissent par arriver aux portes du bunker. Shaak Ti décide de rester en arrière pour protéger l’accès, à raison : les Magna Gardes sont toujours sur leurs traces et approchent. Un nouveau combat commence…
Les portes blindées se referment derrière les Jedi et le Chancelier…scellant leur destin : le Général Grievous est déjà à l’intérieur.

A l’extérieur, les droïdes IG-100 cessent soudainement leur assaut et se replient dans l’ombre. Shaal Ti craint le pire. Lorsqu’elle pénètre à l’intérieur du bunker, ses confrères sont morts et Grievous tient Palpatine entre ses griffes. Dans un acte désespéré, elle charge le général…
Mace Windu arrive sur les lieux au moment où le Chancelier est transféré sur la navette de transport. Le Jedi ne peut empêcher l’enlèvement mais écrase la cage thoracique du cyborg avec la Force, provoquant un râle mécanique. L’aéronef s’envole pour rejoindre la Main Invisible, le vaisseau amiral séparatiste, en orbite. Dans le bunker, Mace trouve Maître Ti prisonnière de câbles électriques et désespérée : sa mission est un échec…
Aussitôt, Agen Kolar, Saesee Tinn et d’autres pilotes Jedi s’élancent depuis l’espace à la poursuite de Grievous depuis l’espace mais la tentative de sauvetage est rapidement avortée par la mort de Pablo Jill et de L’lacielo Sageon....

Conclusion : Le chancelier est capturé et Mace Windu fait appelle à Obi-Wan Kenobi et Anakin Skywalker.