Durant la Guerre des Clones, le maître Jedi eut une affectation d’une importance capitale. Elle fut nommée en charge de la supervision de la formation des soldats clones sur Kamino. Epaulée par des instructeurs, souvent des chasseurs de prime ou mercenaires, elle devait transformer tout nouveau clone de cadet en véritable soldat pour être envoyé sur le front.
C’était un travail colossal, des milliers de soldats devant être formés au plus vite, mais Shaak Ti attachait visiblement de l’importance à conserver un suivi au plus près des cadets. Ainsi, elle fut témoin du cas de l’escouade Domino. Les clones la composant eurent des résultats catastrophiques au cours des simulations de combats, montrant un manque criant de solidarité et de travail d’équipe, éléments pourtant de base au sein de la Grande Armée de la République. Leur instructeur, le chasseur de prime Bric, voulut même les écarter définitivement, mais Shaak Ti et sa compassion légendaire tenta d’en savoir plus avant de prendre une décision. Lama Su, premier ministre de Kamino, lui expliqua alors que des impondérables pouvaient toujours arriver dans un processus de clonage, spécialement un clonage à une aussi grande échelle que la création de cette armée de clone à partir d’un seul donneur. Lama Su se proposa ensuite à demi mots d’abandonner l’escouade Domino, ce que Shaak Ti se refusa à faire. Néanmoins, elle avait maintenant un cas difficile à résoudre : que faire de ces clones que personne ne voulait, qui semblaient ne pas convenir au projet de Grande Armée mais que l’on ne pouvait juste oublier ?
Heureusement, la solution vint toute seule. Peu après un nouvel échec, au cours du test pour devenir Soldats ARC Shaak Ti prit finalement la décision de les laisser retenter une dernière fois le test final. El-Les, un des autre instructeurs, parvint sans doute à transmettre son inexplicable foi en cette escouade au maître Jedi qui ne fut sans doute pas difficile à convaincre. Elle se permit même de donner une dernière leçon à deux d’entre eux, désireux de quitter leurs camarades. Shaak Ti leur opposa que l’unité vaut mieux que le chaos, et que le groupe est plus important que l’individu.
Le lendemain, au cours du dernier test, l’escouade se comporta admirablement, mettant de coté leur différence pour agir en équipe même lorsqu’ils s’aperçurent que leur instructeur avait trafiqué leur matériel. Shaak Ti ferma les yeux sur cet incident et félicita même Bric pour avoir su « motiver » ses cadets, sans doute les meilleurs qu’elle ait pu voir ! Hélas, le travail de Ti sur Kamino n’attendait pas et elle dut très vite se concentrer ailleurs. Néanmoins, lorsque peu après un contingent entier de soldats clones put partir de Kamino, son enseignement terminé, ce fut avec beaucoup d’émotions dans la voix que Shaak Ti leur tint son dernier discours.
En -21 le Temple Jedi fut frappé par un attenat qui causa de nombreuses morts, tant chez les Jedi et les employés du Temple que chez les clones. Shaak Ti et les autres membres du Conseil Jedi décidèrent de confier l'enquête à Anakin Skywalker et Ahsoka Tano, absents du Temple lors de l'explosion, estimant qu'ils sauraient faire preuve d'impartialité.
Shaak Ti assista avec le reste du conseil aux funérailles des cinq Jedi tués dans l'attentat.
L'enquête montra que la bombe était en réalité le corps même d'un des membres de l'équipe de maintenance : Jackar Bowmani, à qui sa femme Letta Turmond avait fait ingérer des nano-droïdes explosifs.
Turmond révéla avoir obéi aux ordre d'un Jedi, et Ahsoka Tano, présente dans la cellule de Turmond quand elle mourut d'un Étouffement par la Force, fut suspectée d'être à l'origine de l'attentat. Pourchassée par l'armée, la padawan parvint à s'échapper et se cacha dans les bas-fonds de Coruscant. Anakin, convaincu de l'innocence de sa padawan fut envoyé à sa recherche en compagnie de Plo Koon.
Ils retrouvèrent Ahsoka et la ramenèrent au Temple : Yoda insistait pour qu'elle reçoive un procès équitable, conformément à la tradition Jedi. Mais le Sénat suspectait l'Ordre de partialité, et voulait que le Conseil l'expulse de l'Ordre, afin qu'elle soit jugée par un tribunal militaire pour acte de haute trahison envers la République. S'opposer au Conseil risquait de passer pour un acte de rébellion : Ahsoka passa devant la chambre des Jugements et fut expulsée de l'Ordre.
Devant la cour militaire, Ahsoka fut défendue par Padmé Amidala. Elle aurait néanmoins été jugée coupable et exécutée si Anakin n'avait réussi à démasquer la vraie coupable : Barriss Offee. Le Conseil offrit à Ahsoka de réintégrer l'Ordre, mais elle refusa.
The Clone Wars
Dark Disciple, de Christie Golden
La Revanche des Sith