Lorsque suite à l’échec du projet d’Ossus de nombreuses planètes furent envahis par une végétation Yuuzhan Vong hostile, les Moffs saisirent l’occasion d’affaiblir Roan Fel. Pour le forcer à déclarer une guerre qu’il souhaitait éviter, le Conseil des Moffs invoqua le traité d’Anaxés. L’empereur n’eut alors d’autre choix que de déclarer la guerre à l’Alliance Galactique, qui avait soutenu le projet des Jedi. Ce que tout le monde ignorait, c’était que les Moffs s’étaient secrètement alliés aux Sith pour saboter le projet et renverser Roan Fel. A la fin de la première année de cette guerre Sith-Impériale, Harkas participa à la bataille de Botajef, une lointaine planète de la Bordure Extérieure. Déployée avec la 407ème Division, l’escouade Joker y affronta les Mandaloriens de Chernan Ordo, engagés par l’Alliance Galactique pour défendre la planète en attendant l’arrivée de renforts. Surpassé en nombre, les Mandaloriens subirent de lourdes pertes, d’autant qu’un traître, Yaga Auchs, sabota le relais de communication permettant de contacter l’Alliance. En approchant des décombres, Harkas et ses hommes découvrirent un soldat blessé, menacé par un Mandalorien. Vax Potorr abattit cet adversaire d’un tir à la jointure du casque et de l’armure, ignorant que le soldat était lui aussi un Mandalorien. Hondo Karr avait en effet survécu à la trahison de Auchs, et déterminé à se venger avait revêtu l’armure d’un impérial mort. Son vieil ami, Vevec l’avait alors menacé pour rendre sa transformation crédible. Harkas intégra le nouveau venu à l’escouade Joker lorsque Karr lui affirma être le seul survivant de son unité, et bricola le rapport des pertes pour faire de sa nouvelle recrue un Joker.

En 130 après Yavin, l’Empire Fel obtint la victoire finale, en piégeant la flotte de l’Alliance Galactique dans le secteur de Caamas. Le dernier acte de la guerre Sith-Impériale fut l’apparition des Sith de Dark Krayt sur Coruscant, qui renversèrent l’empereur. Les Moffs ayant prêtés serment d’allégeance au Seigneur Sith, l’Armée et la Marine Impériale se plièrent à la domination de ce nouveau maître. Mais sept ans plus tard, Roan Fel réapparut pour réclamer son trône, alors que tous le croyait mort. La planète de Bastion fut la première à se rallier à l’empereur légitime, et de nombreuses garnisons planétaires et officiers de la Flotte et de l’Armée suivirent. La 407ème Division de Soldats de Chocs resta fidèle aux Moffs et à Dark Krayt, et se prépara à quitter Yinchorr, sa base depuis la fin de la guerre, pour aller sur Borosk. Juste avant l’embarquement, Harkas se chargea de récupérer sa nouvelle recrue, Anson Trask. Il dut pour cela intervenir auprès de Dark Maleval, venu superviser les opérations, et à qui Trask avait manqué de respect par inadvertance. Harkas présenta ensuite Trask au reste de l’escouade Joker, Jes Gistang, Hondo Karr et Vax Potorr, qui ne se montrèrent pas particulièrement enthousiasmés par cette arrivée. Les Sith-Impériaux furent ensuite déployés sur Borosk contre la garnison locale, la 908ème Division de Soldats de Chocs, qui venait de rallier Roan Fel. Poussés par Dark Maleval, les soldats de la 407ème sécurisèrent le périmètre de la forteresse de leurs adversaires après une journée de durs combats. Après avoir été une nouvelle fois menacés par le Sith, certains membres de l’escouade Joker, notamment Gistang, proposèrent de déserter. Ce fut finalement Harkas qui parvint à les convaincre de poursuivre le combat, en mettant en avant le fait que leur devoir leur commandait d’obéir aux ordres. Les combats reprirent le lendemain, toujours aussi violents, et Gistang fut tuée par un tir perdu qui toucha les cellules énergétiques de son arme. Dans l’explosion, Harkas fut blessé aux jambes et dû être porté par Trask. Malgré la victoire, la bataille n’était pourtant pas terminée pour les Joker, car Maleval leur ramena un prisonnier. Celui-ci n’était autre que le frère du lieutenant Gil Cassel, l’officier supérieur des Joker, qui avait le malheur de servir au sein de la division vaincue. L’objectif du Sith était simple, forcer Cassel à abattre son propre frère pour prouver sa loyauté, où les tuer tous les deux. Harkas protesta devant cette scène, mais le Sith l’ignora, et exécuta les frères Cassel lorsque Gil refusa d’obéir à son ordre. Hondo Karr, qui tentait d’assassiner le Sith fut lui aussi mit hors-combat, et ne dû la vie qu’à Trask, qui tira dans le dos de Maleval. Karr les ayant ensuite quitté pour suivre sa propre route, Harkas et Trask restaient les deux seuls membres de l’escouade Joker. Son état nécessitant des soins médicaux, le sergent fut évacué, et confia à Trask le soin de garder en vie les nouvelles recrues en son absence.

Le jeune soldat s’acquitta de sa mission avec application, et quelques temps plus tard, Harkas vint reprendre le commandement des Jokers. La première mission confiée à l’escouade reconstituée fut l’exploration des ruines du temple Jedi d’Ossus, à la recherche d’éventuels survivants. Bien que sceptiques quant à la survie des Jedi, Harkas conseilla à ses hommes de poursuivre la mission avec application pour ne pas éveiller la colère de Dark Stryfe, qui supervisait les recherches depuis l’orbite. Peu de temps après, Trask et l’un de ses camarades, descendus fouiller les sous-sols du temple y découvrirent plusieurs Jedi. Mais avant qu’ils n’aient eu le temps d’avertir leur sergent, le chevalier Jedi Shado Vao influença leur esprit pour leur faire oublier cette rencontre. Persuadé que le temple était désert, Harkas informa ses supérieurs qu’ils n’avaient trouvé personne. Convaincu que des Jedi se cachaient bel et bien sur la planète, Stryfe ordonna pourtant un bombardement orbital des ruines avant de partir. La mission suivante de l’escouade Joker fut bien pire. Dans le but d’exterminer la population Mon Calamari, les Sith traquèrent des réfugiés jusque sur la planète aquatique de Napdu, où ils lâchèrent un terrible virus. Pour punir ceux qui avaient donné asile aux réfugiés, notamment le Hutt Azzim Anjiliac, les Sith-Impériaux bombardèrent ensuite les centres urbains depuis l’espace. Plusieurs escouades de Soldats de Chocs, dont les Jokers, furent ensuite déployées sur la planète pour exterminer tous les survivants. Cette mission déplut profondément à Anson Trask qui fit ouvertement part de ses réticences sur la fréquence de l’escouade. Même si la mission ne lui plaisait pas non plus, Harkas lui conseilla de se contenter d’obéir aux ordres, et d’arrêter de nuire au moral de l’escouade.

La dernière mission du sergent Harkas à la tête de l'escouade Joker eu lieu sur la planète reculée de Taivas. Grâce à l'interrogatoire du Chevalier Impérial Antares Draco, les Sith avaient en effet appris que la planète abritait le temple secret des survivants de l'Ordre Jedi. Une force de frappe commandée par les Moff Yage et Geist fut donc envoyée pour éliminer les Jedi une fois pour toute. Toutefois, les champs électromagnétiques très particuliers de Taivas empêchèrent un ciblage correct du temple depuis l'orbite, et les Sith-Impériaux durent déployer leurs troupes au sol. Harkas encouragea ses hommes, et leur demanda d'attaquer les Jedi au corps-à-corps et de récupérer leurs sabres laser comme trophées. Les Jedi défendirent farouchement leur demeure, aidés par l'arrivée de la flotte de Roan Fel. Alors que son unité venait d'atteindre l'entrée du temple, Harkas fut touché et s'écroula brutalement. Ce fut Anson Trask qui s’aperçut le premier de sa mort, et rallia les survivants de l'escouade Joker pour continuer l'attaque. Malgré tout, les Sith-Impériaux subissaient de lourdes pertes, qui s'aggravèrent encore avec l'arrivée des renforts de Dark Krayt sur le champ de bataille. Les Soldats Sith ne se préoccupèrent en effet absolument pas d'identifier leurs cibles, et abattirent tout ce qui se dressait sur leur chemin, ami ou ennemi. Le Moff Geist fut ainsi tué par une explosion provoquée par un chasseur Annihilateur Sith, ainsi que de nombreux soldats de la 407ème Division Sith-Impériale, avant que l'ordre de laisser les Sith combattre ne parviennent aux unités avancées.