L'Alliance Galactique en exil est un gouvernement rebelle monté par l'Amirale Cha Niathal, co Chef d'Etat de l'Alliance Galactique, juste après la bataille de Fondor. Durant cette dernière, les tensions entre Niathal et son collègue Dark Caedus ont finalement éclaté au grand jour, après que Caedus eut refusé l'ordre direct de Niathal de cesser les combats, car Fondor s'était rendue.

Désirant au contraire faire un exemple de la planète qui s'était soulevée contre l'Alliance Galactique, Caedus poursuivit l'assaut. Niathal saisit cette occasion pour démettre de ses fonctions son encombrant collègue. Mais elle ne fut hélas guère suivie. Plus des deux tiers de la flotte se rangea aux cotés de Dark Caedus, ainsi que la plupart des vaisseaux des Vestiges de l'Empire.

Caedus se replia et rentra le premier sur Coruscant, clamant qu'il était le seul et unique Chef de l'Etat et que Niathal et ses mutins étaient des traitres. Bien que se sachant en position de faiblesse, Niathal refusa de jouer selon les rêgles du Sith et déclara un gouvernement d'opposition à l'AG de Caedus, basé sur Fondor.

L'Alliance en exil s'allia officieusement à la Coalition Jedi, à la Confédération et à la flotte irrégulière de l'Amirale Daala pour combattre le tyran à la tête de l'AG. Quand Caedus perdit la vie lors de la bataille finale de Shedu Maad, et que l'Alliance en Exil retourna dans l'AG, tout le monde s'attendait à ce que Niathal devienne Chef d'Etat. Mais ne s'en estimant plus digne, elle refusa, et ce fut Natasi Daala qui prit sa place.