WAC-47 servit sous les ordres du commandant clone Neyo au cours de la Guerre des Clones. Il fut choisi pour être membre de la D-Squad, un groupe de droïdes composé de R2-D2, M5-BZ, QT-KT et U9-C4 et voler un module de cryptage séparatiste. Avec sa nature gaffeuse, il exaspéra rapidement le colonel Gascon (qu'il appelait sans cesse caporal, au grand dam de ce dernier), en charge de diriger l’opération. L’équipe embarqua à bord d’une navette séparatiste réhabilitée pour l’occasion, afin d’infiltrer le croiseur séparatiste où se trouvait la puce de cryptage convoitée.

Afin de quitter le croiseur ennemi, la D-Squad avait volé une navette séparatiste pour retourner sur Coruscant. Mais le vaisseau fut expulsé hors de l’hyperespace au milieu d’un champ de comètes. Les droïdes tentèrent des réparations en urgence tandis que WAC-47 faisait de son mieux pour éviter d’abîmer la navette. Hélas, endommagé, le vaisseau finit par s’écraser au beau milieu d’un désert, sur la planète Abafar. Le petit groupe erra un certain temps dans le sable. Le colonel désespéré n’ayant plus la volonté de continuer à errer dans le désert, les droïdes astromécanos décidèrent de partir à la recherche d’aide de leur côté. WAC-47 resta avec son colonel. Ils décidèrent tous deux de monter sur le dos d’étranges créatures originaires de ce monde qui les conduisirent à la ville de Pons Ora.

La ville était peu peuplée mais le colonel demanda à son équipe d’inspecter les environs. Le groupe revint après une rapide exploration : un poste séparatiste ne se trouvait pas loin. Gascon et WAC-47, de leur côté, rencontrèrent Gregor, un jeune habitant amnésique. Il s’avéra que Gregor était un commando de la République. Voyant une chance de quitter cette planète reculée, les droïdes aidèrent l’homme à retrouver la mémoire. Le commando décida d’aider ses nouveaux compagnons. Il attaqua la base ennemie, permettant à la D-Squad de fuir à bord d’une navette séparatiste. Malheureusement, Gregor ne put les suivre et perdit la vie dans l’explosion qu’il avait provoquée.

Le petit groupe avait localisé un croiseur républicain et avait fait poser la navette volée à bord. Mais les ennuis n’étaient pas terminés ! Le vaisseau était en réalité vide et les officiers n’étaient rien d’autres que des hologrammes. Là, WAC-47 et la D-Squad firent connaissance avec quelques droïdes présents à bord. Ceux-ci expliquèrent alors à la D-Squad que le vaisseau avait été pris d’assaut par les Séparatistes. Tout l’équipage avait été annihilé et le croiseur était truffé d’explosifs afin d’empêcher la Conférence Stratégique de la République en orbite de Carida. Des robots séparatistes buzz surprirent le rassemblement de robots.  Un  duel féroce s’engagea. Des  droïdes buzz affluaient de partout, encerclant très vite la D-Squad. Le groupe aurait été perdu sans l’intervention héroïque de M5-BZ. Le petit robot parvint à ouvrir le sas. Tous les droïdes buzz furent aspirés dans le vide sidéral, mais M5 ne put s’en sortir : il fut lui aussi happé en dehors du croiseur ! R2-D2 put reprogrammer le détonateur des bombes séparatistes, tandis que WAC-47 fuyait avec Gascon, U9-C4 et QT-KT. Le croiseur explosa alors plus tôt que prévu, sans avoir eu le temps d’atteindre sa cible. 

Finalement, la D-Squad put accomplir sa mission initiale et reçut les félicitations d'Anakin Skywalker. Malgré son côté gaffeur et sa personnalité peureuse, WAC-47 avait servi de son mieux la République. Gascon avoua même être fier du droïde et espérait qu’un jour, il aurait l’occasion de refaire équipe avec lui.